Nacido en la Alhambra, hijo de Muley Hacén y la sultana Aixa, se sublevó en Guadix contra su padre en 1482 y accedió al trono gracias al apoyo de los Abencerrajes y de su propia madre. Combatió a su padre y su tío, quienes también se consideraban legítimos reyes de Granada, durante una guerra civil en la que fue apresado por los Reyes Católicos. Su liberación implicó dar a Castilla la parte del reino que gobernaba el Zagal, lo que favoreció la penetración cristiana y la finalización de la guerra el 2 de enero de 1492 con la toma de Granada por los Reyes Católicos. Boabdil se aseguró la colaboración de las tropas castellanas en su exilio a Fez en 1493 ante la posibilidad de una rebelión del bando opuesto.
Según una extendida leyenda española cuya veracidad no está casi nunca atestiguada por ninguna documentación, al salir de Granada camino de su exilio en las Alpujarras, cuando coronaba una colina, volvió la cabeza para ver su ciudad por última vez y lloró, escuchando de su madre la sultana Aixa "no llores como mujer lo que no supiste defender como hombre". Debido a esto esa colina recibe el nombre del Suspiro del moro.
En su exilio alpujarreño, se instaló en la población almeriense de Laujar de Andarax siendo esta su última residencia en la península ibérica antes de partir definitivamente a África.